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Os Departamentos do Instituto são subunidades orgânicas permanentes de criação e transmissão do conhecimento no domínio de uma disciplina, de um grupo de disciplinas ou de grupos afins de disciplinas, constituindo, como tal, a célula base de organização científico-pedagógica e de gestão de recursos, no campo da Educação e domínios afins.
O Instituto possui cinco subunidades orgânicas departamentais designadas por: