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No âmbito do Instituto, a actividade científica na área de conhecimento da Educação e domínios afins é realizada em Centros de Investigação que integram docentes e investigadores da Universidade e de outras instituições ou entidades, públicas ou privadas, nos termos dos respectivos regulamentos.
Os Centros promovem e desenvolvem actividades de investigação de natureza científica ou científico-tecnológica, enquadradas em linhas de investigação com objectivos e orientações estratégicas bem definidas.
O Instituto possui duas subunidades orgânicas de investigação designadas por: