O curso de mestrado em Educação Especial (EE) tem como foco principal a atualização e o aprofundamento de conhecimentos e competências em Educação Especial, bem como o desenvolvimento de práticas recomendadas e baseadas na evidencia, resultantes da investigação realizada neste domínio. Este curso alicerça-se numa perspetiva interdisciplinar, visível na composição dos seus estudantes e docentes que advém de diferentes áreas disciplinares: ciências da educação, psicologia, sociologia da infância, saúde e ação social.
A estrutura curricular do Mestrado em EE está organizada em duas áreas de especialização: Necessidades Educativas Especiais no Domínio Cognitivo-Motor e Intervenção Precoce e integra duas áreas cientificas: Ciências da Educação e Educação Especial.
O curso decorre em 4 semestres curriculares (2 anos) que perfazem um total de 120 créditos. Os dois primeiros semestres incluem 8 unidades curriculares (UC) com 60 créditos que atribuem o grau de especialização em Educação Especial. Os restantes 60 créditos estão distribuídos pelo 3º e 4º semestre nas UC: Seminário de Apoio à Dissertação e Desenvolvimento do Projeto de Dissertação. A frequência do 1º ano curricular confere o grau de especialização em Educação Especial.
Neste curso são valorizadas várias metodologias e técnicas de ensino, designadamente, Ensino direto (expositivo), trabalho de pequeno grupo e de pares, tutorias, trabalho independente e trabalho de campo orientado.
As metodologias de ensino-aprendizagem trabalho procuram aproximar o aluno de contextos reais de intervenção/apoio e de investigação, nomeadamente através do desenvolvimento da componente de formação orientada para o projeto, que se concretiza na UC Estudo de Caso, e através da elaboração e concretização de projetos de investigação em temáticas internacionalmente reconhecidas como alicerçantes da qualidade das práticas de apoio a crianças e jovens com necessidades especiais e suas famílias.

Quem completar com sucesso um dos planos de estudos do curso poderá requerer um Diploma e uma Carta de Curso. Consoante a Área de Especialização frequentada, o grau atribuído e registado nos referidos documentos terá uma das seguintes designações:
- Mestre em Educação Especial, Área de Especialização em Necessidades Educativas Especiais do Domínio Cognitivo e Motor
- Mestre em Educação Especial, Área de Especialização em Intervenção Precoce

Este curso confere uma habilitação especializada em conformidade com as recentes políticas Portuguesas de Educação Especial/Intervenção Precoce definidas no Decreto-Lei n.° 54/2018, de 18 de Julho e no Decreto-lei 281/2009 de 6 de outubro.