O Conselho do Instituto é o órgão colegial representativo do Instituto​.

Competências (artº 13º dos Estatutos do IE)

O Conselho do Instituto é o órgão colegial representativo da unidade. Nos termos dos estatutos da Universidade do Minho, compete ao Conselho do Instituto:
  1. ​definir as linhas gerais de orientação do Instituto;
  2. aprovar os regulamentos internos do Instituto;
  3. aprovar o plano anual de atividades, o orçamento, o relatório de atividades e as contas do Instituto;
  4. eleger o presidente do Instituto;
  5. pronunciar-se sobre a criação, modificação e extinção de subunidades orgânicas;
  6. definir princípios de gestão dos espaços físicos e recursos materiais do Instituto de Educação;
  7. definir as políticas de gestão dos recursos humanos do Instituto de Educação ao nível dos funcionários não docentes e não investigadores;
  8. aprovar os mapas de serviço docente;
  9. decidir da criação, fusão ou extinção de serviços de interação com a sociedade;
  10. decidir da criação, fusão ou extinção de serviços internos de apoio à concretização da missão e objetivos do Instituto;
  11. proceder à designação dos membros do Conselho Consultivo.​​
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Composição

Presidente: 
  • Doutora Maria Assunção Flores Fernandes (Presidente do Conselho do Instituto de Educação)

Diretores dos Departamentos
  • ​Doutora Custódia Alexandra Almeida Martins
  • Doutor António José Meneses Osório
  • Doutor Rui Manuel do Nascimento Lima Ramos
  • ​Doutor Fernando Ilídio da Silva Ferreira
  • Doutora Ana Paula Silva Pereira
​Diretores dos Centros de Investigação
  • ​Doutora Maria Leonor Lima Torres
  • Doutora Maria Assunção Flores Fernandes

Representantes dos Estudantes
  • Mafalda Ventura Azevedo
  • Dra. Bárbara Sofia da Costa Freitas
  • Dra. Maria Luísa Teixeira Machado dos Santos​

​Representante dos Técnicos Administrativos e de Gestão​

  • Dr. Luís Carlos Ferreira Fernandes

Representant​es dos professores e investigadores doutorados
  • ​Doutora Maria Alfredo Ferreira Freitas Lopes Moreira
  • Doutor Manuel António Ferreira da Silva
  • Doutora Maria Teresa Jacinto Sarmento Pereira
  • Doutor Paulo Idalino Balça Varela
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(atualizado a 16 de maio de 2022)