O Conselho do Instituto é o órgão colegial representativo do Instituto​.

Competências (artº 13º dos Estatutos do IE)

1. ​definir as linhas gerais de orientação do Instituto;
2. aprovar os regulamentos internos do Instituto;
3. aprovar o plano anual de atividades, o orçamento, o relatório de atividades e as contas do Instituto;
4. eleger o presidente do Instituto;
5. pronunciar-se sobre a criação, modificação e extinção de subunidades orgânicas;
6. definir princípios de gestão dos espaços físicos e recursos materiais do Instituto de Educação;
7. definir as políticas de gestão dos recursos humanos do Instituto de Educação ao nível dos funcionários não docentes e não investigadores;
8. aprovar os mapas de serviço docente;
9. decidir da criação, fusão ou extinção de serviços de interação com a sociedade;
10. decidir da criação, fusão ou extinção de serviços internos de apoio à concretização da missão e objetivos do Instituto;
11. proceder à designação dos membros do Conselho Consultivo.​​

Composição

• Doutora Maria Assunção Flores Fernandes (Presidente do Conselho do Instituto de Educação)

• Beatriz de Oliveira e Silva Gonçalves
  
• Iva Maria da Costa Fernandes
  
• Dr. Germano Chivinda Funda​

​Representante dos Técnicos Administrativos e de Gestão​

• Dr. Luís Carlos Ferreira Fernandes
  

• ​Doutora Maria Alfredo Ferreira Freitas Lopes Moreira
• Doutor Manuel António Ferreira da Silva
• Doutora Maria Teresa Jacinto Sarmento Pereira
• Doutor Paulo Idalino Balça Varela